El Tribunal Supremo en dos sentencias de 15 de diciembre de 2023, retoma la cuestión del régimen de deducción del IVA para las actividades de investigación de las universidades concluyendo en ambas que lo propio es aplicar el sistema legalmente previsto para la Universidad de sectores diferenciados, uno el de enseñanza, sujeto y exento, otro el de investigación, sujeto y no exento, con derecho a la deducción del 100%, excepto en las adquisiciones comunes para ambos sectores que debe aplicar la regla de la prorrata, y recrimina a la Administración Tributaria, su actuación conjugando de aquí y de allá la posible deducibilidad del IVA por la Universidad, pues revela su desconocimiento de la jurisprudencia del TJUE y nuestra propia legislación.
En la primera de las sentencias que analizamos, recaída en el recurso 4384/2022 se fija como doctrina el derecho a la deducción de las cuotas del IVA soportadas por adquisiciones de bienes y servicios afectos a la actividad de investigación básica realizada por una Universidad, aun cuando los proyectos de investigación básica de forma inmediata y directa no conlleve contraprestación, pues han de entenderse que son necesarios para sus operaciones gravadas, en tanto supone un beneficio económico que favorece su actividad investigadora general, sujeta y no exenta.
En la sentencia, recaída en el recurso 4235/2022, el Tribunal llega a la misma conclusión que en la anterior recriminando Administración Tributaria su actuación que revela su desconocimiento de la jurisprudencia del TJUE y nuestra propia legislación, traspasando los límites del sistema de sectores diferenciados.
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